Merle Kröger wurde in Plön geboren und studierte an der Freien Universität Berlin. 1990 gründete sie die interdiszpilinäre Künstlergruppe Botschaft e. V. und deren Club/Galerie/Veranstaltungsraum »Ihr Friseur« in Berlin-Mitte, 1992 die Autorengruppe dogfilm, die bis 2000 gemeinsam Dokumentarfilme, Videokunst und Essayfilme produzierte. Die Filme wurden auf ARTE, 3Sat sowie auf deutschen und internationalen Festivals gezeigt und ausgezeichnet.
Kröger ist Autorin einer Reihe von Kriminalromanen. 2003 gab sie ihr Debüt mit »Cut!«, es folgten »Kyai!« (2006) und »Grenzfall« (2012). Ihre Krimis sind nicht nur literarisch, sondern auch politisch motiviert und folgen den dringlichen Fragen der Gegenwart, wagen sich in die Bereiche Politik, Krieg, Macht, Religion und das Nebeneinander der Kulturen vor. Auch gibt es Ausflüge in die Welt des indischen Kinos und des Kung-fu. Entgegen der Krimitradition fehlt es oft an einem klassischen Ermittler, Kröger erweitert das Genre in Richtung Roadmovie, Abenteuerroman, Polit-Thriller: »Der Kriminalroman gibt die Chance, emotionale und politische Momente zu verdichten und die Realität in einen Möglichkeitsraum umzudenken.« Ihr jüngster Roman »Havarie« (2015) erzählt von dem Zusammentreffen eines Flüchtlingsboots mit einem Luxusliner vor der spanischen Küste. Auch hier ist Kröger nah am Zeitgeschehen und sprengt die Grenzen des Krimigenres. Die Geschichte wird stilistisch überzeugend, spannend und unter Verwendung filmischer Mittel aus den Perspektiven von elf Personen erzählt, darunter eines aus Aleppo geflohenen syrischen Arztes, der sich als Wäscher im Bauch des Kreuzfahrtschiffs verdingt, des algerischen Steuermanns des Schlauchboots und eines Mitarbeiters der spanischen Küstenwache, dessen Familie unter der Wirtschaftskrise leidet. Sinnbildhaft ist der Name des Kreuzers, »Spirit of Europe«, wird hier doch eine Vielzahl brisanter europäischer Themen angesprochen. Zusammen mit Philip Scheffner drehte Kröger 2016 einen gleichnamigen Film, die Weltpremiere von »Havarie« fand bei den 66. Internationalen Filmfestspielen Berlin 2016 statt. Ausgehend von einem Videoclip, auf den Scheffner und Kröger 2012 auf YouTube gestoßen sind und der ein im Meer treibendes Schlauchboot mit 13 Personen an Bord zeigt, hinterfragen sie filmisch vor allem die Position des Beobachters – das Video wurde an Bord eines Kreuzfahrtschiffs gedreht. Der Film entstand in der Produktionsfirma für künstlerische Dokumentarfilme Pong Film, die Kröger und Scheffner 2001 gründeten.
Merle Kröger erhielt den Deutschen Krimi Preis 2013 für »Grenzfall« und 2016 für »Havarie«, außerdem wurde sie 2015 mit dem Radio Bremen-Krimipreis ausgezeichnet. Neben Romanen schreibt sie Drehbücher für das indische und europäische Kino und unterrichtet als Dramaturgin. Die Autorin lebt in Berlin.