Juan Goytisolo wurde 1931 als Kind einer wohlhabenden Familie in Barcelona geboren. Als er sieben war, kam seine Mutter bei einem Bombardement im spanischen Bürgerkrieg um – ein Verlust, der ihn tief geprägt hat.
Im Hause gab es eine umfangreiche Bibliothek, die ihm – neben regelmäßigen Leseabenden – von Kindesbeinen an Literatur näher brachte. Er besuchte eine Jesuitenschule und studierte danach Jura, machte jedoch kein Examen.
Bereits 1954 erschien sein Debütroman »Juegos de manos« (dt. »Die Falschspieler« 1956), ein Portrait der Großstadtjugend in Franco-Spanien.
Dieses und seine folgenden Bücher lassen sich mit Texten der britischen »Angry Young Men« der 1950er vergleichen. Auch Goytisolo übt in seinen Frühwerken in realistischer Manier Kritik an den Gesellschaftsbedingungen seines Landes und stellt Individuen in den Vordergrund, die sich gegen soziale Zwänge aufbäumen. Seine reportageähnlichen Romane über die armen Bewohner andalusiens waren eine flammende Anklage („La chanca“). Durch sein Schaffen geriet der Autor immer mehr in Konflikt mit dem Franco-Regime, so daß er 1957 ins Exil nach Paris ging. Als Lektor bei Gallimard traf er dort mit bedeutenden Literaten von Camus bis Hemingway zusammen. Jean Genet wurde sein Mentor und beeinflusste auch sein späteres Coming out als Homosexueller. 1964 verließ er den Verlag und widmete sich jetzt ausschließlich der Literatur. Vom französischen Strukturalismus beeinflusst, brach Goytisolo mit dem Werk »Señas de identidad« (1966; dt.
»Identitätszeichen«, 1978) endgültig mit dem Realismus – und wurde international berühmt. Das Buch handelt von der Entfremdung eines Exilanten, der ins Spanien des Franco-Regimes zurückkehrt. Dabei bedient es sich verschiedener Erzählperspektiven und Textarten, worin sich die innere Zerrissenheit des Rückkehrers und des spanischen Volkes in Gänze widerspiegelt. Der Roman bildet zusammen mit den Bänden »Reivindicación del Conde don Julián« (1970; »Rückforderung des Conde don Julián«, 1976) und »Juan sin Tierra« (1975; »Johann ohne Land«, 1981) eine autobiographisch beeinflusste Trilogie, die als Hauptwerk des Autors gilt. Alle drei Titel waren selbstverständlihc im franquistischen Spanien verboten und wurden später zu Bestsellern. In vielen Büchern seines umfangreichen Werks thematisiert er die maurischen Wurzeln Spaniens und die dazugehörige Hybridkultur. Überhaupt ist die spanisch-arabische Geschichte und die islamische Kultur ein großes Thema für Goytisolo, der den gesamten Maghreb oft bereiste und seit vielen Jahren in Marrakesch (und Paris) lebt. Als engagierter Intellektueller meldete er sich neben seinen Romanen auch immer wieder als Essayist und Journalist zu Wort. So bereiste er Palästina, Sarajevo und Tschetschenien in den 90er Jahren sowie die islamsichen Länder der ehemaligen UdSSR und kommentierte die Geschehnisse in Artikeln und Essays.
Juan Goytisolo wurde mit diversen Literaturpreisen ausgezeichnet, darunter mit dem mexikanischen Octavio-Paz-Preis und dem Juan-Rulfo-Literaturpreis.
Der Autor verstarb am 4. Juni 2017.